حضرت آیت الله العظمی امام خامنه ای مدظله العالی در پیامی که به مناسبت یکصدمین سالگشت بازتأسیس حوزه علمیه قم صادر کردند، بر نقش مهم و تأثیرگذار دانشگاه در کنار حوزه در خصوص شناخت نظرات رایج دانش جهان در حوزه علوم انسانی مرتبط با نظام حاکمیتی و مردمی و ارائه محتوای اندیشه های دینی در قالب‌های متناسب با جامعه، تأکید فرمودند.

ایشان در بخشی از این پیام به نیازمندی حوزه به آگاهی از یافته‌های امروز جهان و همکاری دانشگاه برای تنظیم نظامات اجتماعی اشاره نمودند.

رهبر معظم انقلاب در بخشی از این پیام فرمودند: البتّه حوزه برای طرّاحی و تنظیم نظامات اجتماعی نیاز دارد که با یافته‌های امروز جهان درباره‌ی این نظامات به اندازه‌ی لازم آشنایی داشته باشد. این آشنایی، فقیه را قادر خواهد ساخت که با بهره‌برداری از درست و نادرست این یافته‌ها، حضور ذهن لازم برای استفاده از تصریحات و اشارات کتاب و سنّت بیابد و شاکله‌ی نظامات اجتماعی را برای اداره‌ی جامع و کامل جامعه بر اساس اندیشه‌ی اسلامی طرّاحی کند.

ایشان افزودند: در کنار حوزه، دانشگاه کشور نیز در این زمینه، دارای توان و تکلیف است؛ این می‌تواند یکی از موارد همکاری حوزه و دانشگاه باشد. کار بزرگ دانشگاه آن است که در علوم انسانیِ مرتبط با نظامات حاکمیّتی و مردمی، به کمک نگاه محقّقانه و نقّاد، درست و نادرست نظرات رایج دانش جهان را مشخّص کند و با همکاری حوزه، محتوای اندیشه‌ی دینی را در قالب‌های متناسب ارائه کند.

بر همین اساس، دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم، این رهنمود و تکلیف امام امت را سرلوحه خویش قرار داده و اعلام می‌دارد با تمام توان خویش در بخش‌های مختلف آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و قرآنی با بهره‌گیری از ظرفیت‌های ویژه استادان، دانشجویان، نخبگان و صاحبنظران علمی خود در تحقق این امر گام برداشته و آماده همکاری بیشتر با حوزه‌های علمیه می‌باشد.